Národný kontaktný bod NCPXFEL v štruktúre UPJŠ je etablovaný ako projektové pracovisko na dekanáte Prírodovedeckej fakulty UPJŠ. Sídlom NCPXFEL sú vyčlenené priestory na ÚFV na Park Angelinum 9 (kancelária vedúceho NCPXFEL) a v objekte CIRA na Park Angelinum 19.
Na čele NCPXFEL je vedúci NCPXFEL. Vedúcim NCP XFEL je zamestnanec UPJŠ, ktorý je delegátom SR v Eu-XFEL Council, alebo v inom poradnom orgáne E-XFEL, resp. zamestnanec UPJŠ, ktorý aktívne vedecky spolupracuje s XFEL.
V prípade ukončenia pôsobenia vedúceho NCPXFEL v Eu-XFEL Councile resp. ukončenia aktivít podľa ods. 2. tohto čl., vymenuje dekan nového vedúceho kancelárie s ohľadom na ustanovenia ods. 2 tohto čl.
Vedenie NCPXFEL tvoria vedúci a jeho dvaja zástupcovia, ktorí sú zamestnancami spolupracujúcich inštitúcií, spravidla v Košiciach a Bratislave. Členovia vedenia sú odmeňovaní spravidla na základe dohody o vykonaní práce.
Poradným orgánom vedenia je Rada NCPXFEL. Tvoria ju zástupcovia každej infraštruktúry (po 1 zástupcovi), ktorá je predmetom náplne činnosti Komisie pre ESFRI projekty (Čl.1 ods. 3). Hlavným cieľom Rady NCP je prepájať aktivity tejto Komisie s aktivitami NCPXFEL.
Členov vedenia kancelárie ako aj členov Rady NCP menuje a odvoláva dekan Prírodovedeckej fakulty na návrh vedúceho NCPXFEL. Funkčné obdobie vedenia kancelárie a Rady NCP sú spravidla 3 roky a je možné túto pozíciu zastávať opakovane.
UPJŠ a Prírodovedecká fakulta vytvoria podmienky pre činnosť NCP.
Zamestnanci poverení agendou NCPXFEL sú podriadení tajomníčke PF.
